Jean Bauberot prend clairement parti dans des polémiques qui finissent par ressembler à une guerre idéologique ouverte. La dénomination "frères musulmans" est donc associée sans contestation à ce qui "cédé le pouvoir" en Tunisie, et aussi à ce qui s'oppose à "Daech" (le terme "Etat islamique" ne pouvant pas être utilisé).