L’atomisme est né à partir de concepts formulés dans des contextes métaphysiques. Nous en retrouvons des versions au VIIIème siècle avant notre ère, dans le traité chinois du Hong Fan, et au VIème siècle, chez le sage hindou Kanada. Chez les Grecs, l’atomisme avait permis de concilier l’immuabilité de l’être avec le changement et le mouvement. Il fut initié par Anaxagore (500—428 av. J.C.), développé par Leucippe (490—430 av. J.C.) et son élève Démocrite (469—370 av. J.C.), et diffusé par Lucrèce (1er siècle avant J.C.).

Au sein de certaines doctrines islamiques, comme celles de la pensée théologique ou kalâm, l’atomisme a pu être exploré et concilié avec la foi, ou « islamisé », pour reprendre l’expression de Bernard Pullman. Dans la perspective théologique des Mu’tazilah et des Ash’arites, l’atomisme est compatible avec la foi, puisque Dieu ne cesse de recréer de nouveau les atomes (et leurs « accidents » ou propriétés) à chaque instant (tajdîd al-khalq). L’atomisme témoigne donc de la puissance du Créateur.

Le modèle atomique fut aussi à la base de la cosmologie de Nasîr al-Dîn Al-Tûsî (1201—1274), considéré comme l’un des principaux représentants chiites du kalâm. En particulier, selon lui, l’univers a évolué à partir de particules semblables. Cette tendance à l’unification des origines l’a aussi conduit à formuler une version des lois de conservation, énonçant qu’« un corps de matière ne peut pas disparaître complètement.